Con l’ingrandirsi di alcuni rioni di Trieste come Roiano, San Giacomo e, appunto, San Giovanni, nasce la necessità di nuove chiese e Muzio de Tommasini (quello del Giardino Pubblico) quale Podestà si fece carico di decidere e avviarne la costruzione.
Erano gli anni metà ‘800.
In particolare il rione di San Giovanni usufruiva della vecchia e piccola chiesetta dei SS Giovanni e Pelagio su in alto della via delle Cave divenuta del tutto insufficiente.
La chiesa di San Giovanni è semplice, ma decorosa. Il progettista è lo stesso della chiesa di San Giacomo, ma per fortuna qui si è impegnato un po’ di più. E comunque la chiesa è arricchita da alcune tele come quella dell’altare maggior o degli altari laterali. Opera, la prima, di un pittore austriaco e le seconde del nostro Giovanni Luigi Rose (o secondo alcuni Rosé) che ritroviamo anche con qualche quadro nel Museo Sartorio. Sua anche la pala, subito a sinistra dopo l’entrata, che inizialmente era nella chiesa di San Pelagio almeno fino alla fine degli anni ’70.

L’organo è degli anni ’50 e ha sostituito il vecchio proveniente da San Giusto.
In anni recenti varie ristrutturazioni.
La chiesa è dedicata a San Giovanni Battista detto anche “decollato” perchè martire decapitato.
Da non confondersi con San Giovanni Nepomuceno la cui piccola statua si trova poco distante all’inizio della via Damiano Chiesa prima della scuola di Polizia. (vedi via Damiano Chiesa).

La piccola cappella