Internamente ha 3 navate con 4 pilastri per parte a dividere la navata centrale da quelle contigue.
Anche le 2 navale laterali terminano con un’abside.
La navata centrale è larga 4,55 e le due laterali 2,70
Mentre l’abside della navata centrale è semielissoidale, quelle delle 2 navate laterali sono rettilinee. Comunque anch’esse inscritte nel perimetro della chiesa.

Lo spazio per il presbiterio (che è la parte riservata al clero officiante e che contiene ovviamente l’altare e solitamente scranni per il clero), occupa poco meno della metà della navata centrale. Dunque uno spazio molto rilevante (8) che è ancor più evidente perchè messo in risalto dai marcati plutei in pietra che dividono la zona del presbiterio dal resto della navata. (9)
L’altare è oggi un recente manufatto dalle linee molto essenziali in pietra di Aurisina che risale agli anni ’60 ed ha sostituito quello ligneo che è stato spostato dentro la cappelletta presente nel contiguo piccolo cimitero e lo si può intravvedere dalla porta della cappelletta se la luce del giorno lo consente.
La sostituzione dell’altare fu voluto dalla Sopraintendenza alle Belle Arti che aveva giudicato lo stile barocco dell’altare non in linea con lo stile della chiesa (10)

Stante il processo di rinnovamento del Parco e della Chiesa (di cui si dirà dopo) intrapreso dal volitivo attuale parroco Don Andrea, non è da escludere che l’altare ligneo possa ritornare al suo posto ed arricchire così l’abside che è di per sé particolarmente nuda.

Sulla sinistra e sporgente dall’area del presbiterio, v’è l’ambone (il pulpito) con il suo leggio. Sporgente e quindi a rimpicciolire ancor di più lo spazio riservato ai fedeli. E’ sorretto da 4 colonne con capitello. Altro leggio è dentro il presbiterio.
Dunque 2 leggii a poca distanza tra loro. C’è chi a questo proposito ha parlato di impianto “disordinato e posticcio” (11), ma vi sarebbe una spiegazione molto plausibile di questi leggii che sono due, uno verso oriente e l’altro verso occidente (12)
L’altezza nella navata centrale è di circa 8 metri e mezzo. Molto interessanti le considerazioni sul rapporto altezza / larghezza ai fini di una datazione della chiesa nel libro di Giovanni Luca più volte citato nelle note. (13)
Il soffitto è a travi a vista.
La navata di sinistra termina con una cappella nella quale ha trovato collocazione un’ara funeraria di epoca romana che funge da altare.
La navata di destra termina con un tabernacolo per il SS Sacramento sul quale v’è un rilievo del pittore-scultore Carlo Sbisà (14)

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Nota 8
Lo spazio presbiteriale avanzato “non è così poi assurdo ed anzi rimanda all’utilizzo antico delle soleae (suolo) … spazio presbiteriale prolungato per far muovere il clero verso i fedeli durante l’Eucarestia.” Giovanni Luca, ibidem.
Con una iperbole che molti troveranno azzardata dico che la chiesa S.S. Trinità,  San Benedetto a Genova ha avuto per decenni e fino alla morte di Don Gallo (2013) un presbiterio grande come tutta la chiesa. Lui officiante nel punto centrale della chiesa nel corridoio tra i banchi e a parlare con i fedeli.

Nota 9
In questo senso la chiesa non si è adeguata né lo potrebbe alle direttive del Concilio Vaticano II (1965) che ha inteso abbattere il più possibile la barriera costituita in tutte le chiese dalla balaustra. Ciò per dare senso ad una maggiore integrazione tra fedeli e parte officiante

Nota 10
“Gli energici interventi condotti nel 1958 dalla Sopraintendenza ai Monumenti con il rigore di un malinteso purismo, hanno privato il presbiterio dell’altare in legno con una esuberante edicola (4.60 x 2.45 circa) che, pur nelle forme del linguaggio barocco lontano dalla rustica semplicità dell’edificio, contribuiva ad arricchire di decoro lo spazio sacro e a esaltare una statua lignea della Madonna qui molto venerata …”
Giuseppe Cuscito, “Il Parco archeologico di Muggia Vecchia”, luglioeditore

Nota 11
Cammarata in “La Chiesa di Muggia Vecchia” in Archeografo Triestino 1975

Nota 12
Giovanni Luca riporta, sposandola, la tesi di Anna Rita Carlet. “Sulla base di indicazioni canoniche liturgiche la lettura dell’Antico Testamento dovrebbe essere propriamente declamata verso oriente mentre il Vangelo ad occidente”.

Nota 13
“.. il rapporto tra larghezza e altezza della navata centrale, pari a 1 : 1,88 assai pronunciato a favore dell’altezza, un fenomeno che verrebbe naturale incontrare in epoca romanica, mentre per il medioevo iniziale sarebbe più facile trovare una moderazione nel verticalismo. Ma poiché a quanto vedremo risulta quasi sicura una iniziale fase tardo carolingia tra il IX e X secolo questa concezione modulare sembra assolutamente normale per il periodo.”
Giovanni Luca prosegue facendo rilevare che il pavimento inizialmente era più basso per cui l’altezza originaria era di 11 metri. Quindi ancora più verticale.
Per riassumere le proporzioni, tenendo conto del pavimento più basso, l’altezza alla navata centrale era il doppio della sua larghezza e al tempo stesso pari alla lunghezza complessiva dell’edificio.

Nota 14
Carlo Sbisà, Trieste 1899 – 1964